Istnieją trzy metody programowania obrabiarek CNC: programowanie ręczne, programowanie automatyczne i centrum obróbcze CAD/CAM.
Programowanie ręczne
Programowanie ręczne obejmuje ręczną analizę rysunków części, technik przetwarzania, wykonywanie obliczeń numerycznych, pisanie list programów oraz wprowadzanie i weryfikację programu. Nadaje się do obróbki punktowej--lub części o stosunkowo prostej geometrii; jest to jednak bardzo czasochłonne-i podatne na błędy podczas programowania skomplikowanych części.
Automatyczne programowanie
Programowanie automatyczne wykorzystuje komputer lub maszynę programującą do zakończenia procesu tworzenia programu części, co jest bardzo wygodne w przypadku skomplikowanych części.
CAD/CAM
Oprogramowanie CAD/CAM służy do automatycznego programowania w oparciu o modelowanie i obrazy. Najbardziej typowym oprogramowaniem jest MasterCAM, które umożliwia programowanie operacji frezowania przy użyciu dwu-, trzech-osi, czterech-i pięciu-osiowych układów współrzędnych, a także toczenia i drutowania EDM. Chociaż tego typu oprogramowanie ma ograniczoną funkcjonalność, jest łatwe do nauczenia i stosunkowo niedrogie.